松嫩平原在区域水文地质普查、区域地下水资源评价、水源地勘查评价以及水文地质科学研究等方面已经做了大量工作，基本满足了经济社会发展对地下水工作的需求，但随着社会经济的发展和科学技术的进步，以及新技术、新方法、新理论的出现，特别是科学发展观的提出，对地下水可持续利用提出了新的要求。近年来的松嫩平原地下水相关工作存在着一些问题，成为提升区域水文地质研究程度的障碍，主要有以下几个方面。
1、以往未开展过专门、系统的地下水监测与评价工作。松嫩平原已经开展的水文地质环境地质工作基本查明了地下水系统结构、地下水资源赋存规律、分布状况，但地下水是动态的，在自然因素和人类活动的影响下，时时刻刻地发生着变化。随着社会经济的发展和人民生活水平的提高，与地下水有关的环境地质问题也越来越突出，急需开展系统的地下水动态监测与评价工作，监测、模拟、研究自然因素与人为因素对地下水的影响，预测预报地下水发展态势，及早提出应对旱灾、洪灾、污染等灾害性事件的地下水应急预案，避免出现灾难性后果，实现地下水的合理开发、优化调度与科学保护。
2、现有监测点数过少，尤其是专门监测井太少，现有监测井主要是利用地方机民井。监测网建立以来，由于重建设、轻保护的运行管理模式，致使国家级地下水监测网的大部分监测井（孔）得不到定期维护，遭到人为破坏和自然淤积后，不能得到及时修复和置换，造成专门监测网点遭到严重破坏，同时城市建设也造成监测井不断遭到破坏，监测网逐年萎缩。近年来，由于经济模式的改变，国家投入的监测经费越来越少，日常监测工作和监测井的运行维护经费难以保障，也是造成监测网逐年萎缩的一个重要原因。
3、监测井布局不够合理，利用地方机民井孔的结构不祥，影响对监测数据的分析，因此不能正确反映区域地下水的动态情况。
4、监测手段落后。区域上绝大部分监测点仍为委托村民以传统的人工测量方法进行监测，测量工具为电表、测钟和测绳等，监测精度无法控制，所取得的监测资料不能够详细和准确描述松嫩平原地下水的动态特征，无法满足地下水资源有效保护和可持续利用以及国民经济建设需要的基础数据。
5、监测结果不能满足政府对地下水科学管理的需求，缺少水量预测和水质预警。由于以往的监测结果仅限于水位及水质的监测，其结果5年形成一个报告，上交有关部门存档。缺少水资源量的动态评价结果及长期的监测机制，更是缺少水质预警，对于政府行使地下水管理职能起不到技术支撑的作用。
6、为解决上述问题，根据中国地质调查局的下达的任务，2008-2010年在松嫩平原开展了地下水动态调查工作。通过该项目安装完成26台地下水自动监测仪。由于仪器厂家的原因，自动监测仪运行不够稳定，监测数据传输是有中断现象。
7、安装自动监测仪的监测井在没有法律保护措施的情况下，尽管安装了井孔保护装置，其安全仍无法得到根本保证。
8、委托群众观测的以往原有的国家级监测点和本次新增地下水监测点的数量无法得到保证。一是持有井权的主人会根据个人需要，随时报废监测井；二是监测经费太少，群众观测员对此引不起足够的重视，使得监测数据断断续续，甚至彻底中断监测工作。
